Struktur organisasi Sekolah Tinggi Katolik Santo Yakobus Merauke ditetapkan dalam Statuta Tahun 2026, Pasal 30.
Unsur Organisasi
Berdasarkan Pasal 30 Statuta, organisasi Sekolah Tinggi Katolik Santo Yakobus Merauke terdiri atas sepuluh unsur berikut.
Dewan Pembina — Uskup Keuskupan Agung Merauke dan tokoh masyarakat.
Badan Penyelenggara — Yayasan Pendidikan dan Persekolahan Katolik (YPPK) Merauke, dengan Pembina, Pengawas, Pengurus Yayasan, dan Badan Pelaksana Harian.
Senat Perguruan Tinggi — organ normatif akademik tertinggi.
Senat Dosen — forum musyawarah akademik seluruh dosen tetap.
Dewan Harian — forum pimpinan yang membantu Ketua dalam penyelenggaraan dan koordinasi institusi.
Pimpinan Perguruan Tinggi — Ketua, Wakil Ketua I (Akademik), Wakil Ketua II (Administrasi Umum, Keuangan, Sarana & Prasarana), Wakil Ketua III (Kemahasiswaan, Alumni, Kerja Sama).
Unsur Pelaksana Akademik — Program Studi, Lembaga Penjaminan Mutu Internal (LPMI), Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat (LP2M).
Unsur Pelaksana Administrasi — Bagian Administrasi Umum, BAAK, Sarana & Prasarana, Keuangan, Kepegawaian, dan Hubungan Masyarakat.
Unsur Penunjang Akademik — Perpustakaan, Laboratorium, Pusat Teknologi Informasi dan Pangkalan Data (PTIPD).
Unit Usaha — unit yang mendukung pengembangan institusi.
Sumber
Bagan dan uraian di atas disusun berdasarkan Statuta Sekolah Tinggi Katolik Santo Yakobus Merauke Tahun 2026, Pasal 30.