Pada prinsipnya pembayaran SPP harus dibayarkan di awal semester berjalan sebelum mahasiswa melakukan KRS karena pembayaran tersebut menjadi syarat untuk pengisian KRS online. Namun ada kalanya mahasiswa mengalami kendala finansial yang dapat dipertanggungjawabkan, untuk alasan tersebut mahasiswa dapat mengurus surat ijin dispensasi  penangguhan pembayaran pada wakil ketua II agar dipertimbangkan apakah dapat diberikan ijin penangguhan pembayaran SPP atau tidak. Apabila mahasiswa mendapatkan surat ijin penangguhan pembayaran SPP, mahasiswa diberikan kelonggaran waktu pembayaran SPP sampai batas waktu yang ditentukan dalam surat ijin tersebut.

Apabila mahasiswa mendapat dispensasi penangguhan pembayaran SPP, tenggat waktu pembayaran SPP disesuaikan dengan batas waktu yang diberikan sesuai yang tertera dalam surat ijin dari wakil ketua II. Pada prinsipnya SPP harus dilunasi sebelum masa Ujian Akhir Semester (UAS) pada semester berjalan sebagai syarat supaya mahasiswa dapat mengikuti UAS pada semester berjalan. 

Sekolah Tinggi Katolik St. Yakobus Merauke sejak tahun ajaran 2018 telah menerapkan sistem pembiayaan pendidikan dengan SPP Tunggal. Artinya mahasiswa dalam satu semester cukup membayar biaya SPP yang besarannya sama tanpa biaya-biaya tambahan lain seperti biaya SKS, Uang Kuliah Tetap (UKT), Sumbangan Pendidikan, Uang Kegiatan Mahasiswa, Uang Buku, dll. Jadi mahasiswa dalam satu semester yang sama akan membayar biaya kuliah yang sama (SPP) meskipun jumlah mata kuliah yang diambil berbeda-beda satu dengan yang lainnya.

Khusus untuk mahasiswa semester I (mahasiswa baru), biaya pendidikan yang ditanggung adalah SPP Reguler ditambah Biaya Atribut Mahasiswa Baru yang mencakup biaya Jas Almamater, Kaos, Kartu Mahasiswa dan Orientasi Mahasiswa Baru. Biaya Atribut mahasiswa baru hanya dibayarkan 1x selama mahasiswa studi yaitu di semester I.

Pada prinsipnya setiap mahasiswa berhak melamar beasiswa studi. Namun setiap penyandang beasiswa berhak menentukan apakah mahasiswa pelamar berhak mendapatkan beasiswa atau tidak sesuai dengan persyaratan dan ketentuan dari masing-masing pihak penyandang beasiswa. Umumnya mahasiswa mendaftar pengajuan beasiswa pada semester II setelah  melengkapi persyaratan yang dibutuhkan seperti: Kartu Hasil Studi (KHS), Surat Keterangan Aktif Studi, Surat Rekomendasi, KTP, dll. Dengan kata lain, mahasiswa semester I belum bisa mengajukan beasiswa. Beasiswa yang tersedia di STK antara lain dari: Ditjen Bimas Katolik Kementerian Agama RI, Pemda Merauke, Pemda Mappi, Pemda Asmat, Pemda Boven Digoel. Pendaftaran beasiswa dilakukan melalui Wakil Ketua II.

Apabila mahasiswa tidak membayar biaya kuliah (SPP) pada waktunya dan tidak mendapatkan surat ijin dispensasi penangguhan pembayaran SPP, maka mahasiswa yang bersangkutan tidak dapat mengisi kartu rencana studi (KRS) online. Akibatnya mahasiswa tersebut secara sistem dinyatakan tidak aktif (Non Aktif) pada semester berjalan. Apabila status mahasiswa Non Aktif, maka mahasiswa yang bersangkutan tidak mendapatkan hak-haknya sebagai mahasiswa yaitu mendapatkan pelayanan akademik, pelayanan kemahasiswaan maupun administratif seperti: mengikuti perkuliahan, bimbingan studi, seminar, kuliah umum, kegiatan-kegiatan kemahasiswaan, menduduki jabatan sebagai pengurus atau anggota dalam organisasi kemahasiswaan, mengajukan/menerima beasiswa, meminta surat/dokumen (termasuk salinan) dari kampus, dll.