Pada prinsipnya setiap mahasiswa berhak melamar beasiswa studi. Namun setiap penyandang beasiswa berhak menentukan apakah mahasiswa pelamar berhak mendapatkan beasiswa atau tidak sesuai dengan persyaratan dan ketentuan dari masing-masing pihak penyandang beasiswa. Umumnya mahasiswa mendaftar pengajuan beasiswa pada semester II setelah melengkapi persyaratan yang dibutuhkan seperti: Kartu Hasil Studi (KHS), Surat Keterangan Aktif Studi, Surat Rekomendasi, KTP, dll.
Khusus beasiswa KIPK dari Kementerian Agama, mahasiswa bisa mendaftar sejak semester I dengan syarat dan ketentuan berlaku. Beasiswa yang tersedia di STK antara lain dari: Ditjen Bimas Katolik Kementerian Agama RI (Beasiswa KIPK dan Bantuan Studi Mahasiswa Miskin), Beasiswa Pemda Merauke, Beasiswa Pemda Mappi, Beasiswa Pemda Asmat dan Beasiswa Pemda Boven Digoel. Pendaftaran beasiswa dilakukan melalui Wakil Ketua II. Syarat-syarat pendaftaran beasiswa berbeda-beda dari masing-masing penyandang beasiswa. Umumnya pendaftaran beasiswa dilakukan di awal tahun untuk beasiswa dari pemerintah daerah dan di setiap awal semester untuk beasiswa KIPK. Informasi tentang pendaftaran dan persyaratan beasiswa yang dibuka akan disampaikan secara terbuka kepada seluruh civitas melalui grup media sosial dan di papan pengumuman kampus. Hanya mahasiswa yang memenuhi syarat dan melakukan prosedur pendaftaran dengan lengkap dan benar yang akan diproses lebih lanjut.