Dalam rangka membangun jaringan dan pengembangan institus, STK St. Yakobus Merauke menjalin kerjasama dengan berbagai pihak eksternal seperti berikut:
1. Institusi Pendidikan baik jenjang pendidikan dasar, menengah dan tinggi seperti:
- SD, SMP, SMA/K Swasta dan Negeri di kota Merauke dan sekitarnya dalam rangka PPL dan praktik lapangan.
- Universitas Musamus dalam rangka studi lanjut tenaga pendidik dan kependidikan, kerjasama Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM), dll.
- Universitas Cenderawasih dalam rangka studi lanjut dosen.
- Instituto Superior De Filosofia E De Teologia, Timor Leste dalam rangka pertukaran informasi dan kerjasama akademik.
2. Pemerintah-pemerintah Daerah: Merauke, Mappi, Asmat, Boven Digoel dalam rangka tugas belajar mahasiswa, bantuan studi (beasiswa) mahasiswa, bantuan operasional dan kegiatan-kegiatan kemahasiswaan.
3. Pemerintah Pusat dalam hal ini Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Katolik (Ditjen Bimas Katolik) Kementerian Agama RI dalam rangka bantuan penelitian, sarana-prasarana, BOP, bantuan studi mahasiswa, kewirausahaan, dll. Ditjen Bimas Katolik sebagai regulator menjalankan fungsi monitoring dan evaluasi atas pelaksanaan pendidikan di STK St. Yakobus Merauke.
4. Perguruan Tinggi Agama Katolik Swasta dan Negeri yang tergabung dalam Perhimpunan Perguruan Tinggi Agama Katolik Indonesia (Perpetaki) dalam rangka penelitian, kegiatan akademik, asosiasi ilmiah dan pengembangan tenaga dosen PTAK.
5. Keuskupan-keuskupan seperti Keuskupan Agung Merauke, Keuskupan Agats, Keuskupan Jayapura, Keuskupan Timika, dan sekitarnya dalam rangka perutusan studi mahasiswa, bantuan studi mahasiswa, penyaluran tenaga kerja (lulusan), dll.
6. Stake holders atau pengguna lulusan seperti sekolah-sekolah, dinas-dinas terkait, paroki-paroki dan instansi-intansi dimana para lulusan pada umumnya bekerja.
7. Lembaga-lembaga keuangan seperti perbankan, koperasi, komisi-komisi PSE keuskupan dan KWI, Dana Pensiun, LSM, dan sebagainya untuk keperluan pengembangan ekonomi mahasiswa, dosen dan tenaga kependidikan.
8. Tarekat-tarekat religius seperti OFM, PBHK, KYM, TMM, ALMA dalam rangka tugas belajar mahasiswa dan bantuan tenaga pendidik.
Pada prinsipnya STK St. Yakobus Merauke terus-menerus membuka diri dan mengembangkan relasi kepada berbagai pihak dan instansi yang bersifat saling menguntungkan untuk perkembangan masing-masing institusi.