Laboratorium komputer STK St. Yakobus Merauke dikelola oleh kepala laboratorium dan dimanfaatkan seoptimal mungkin untuk meningkatkan kompetensi mahasiswa di bidang teknologi informasi dan komunikasi.
Laboratorium terintegrasi dengan jaringan lokal dan internet 24 jam yang dapat diakses oleh seluruh sivitas akademika, termasuk untuk mendukung pengisian Kartu Rencana Studi (KRS) secara daring bagi mahasiswa yang tidak memiliki laptop atau printer sendiri.
