Untuk mendukung proses perkuliahan, STK St. Yakobus Merauke memiliki ruang perkuliahan yang nyaman, dilengkapi fasilitas sesuai standar yang ditetapkan. Peningkatan kapasitas dan kualitas ruang perkuliahan menjadi program prioritas kampus mengingat semakin meningkatnya animo masyarakat untuk menuntut ilmu di lembaga ini.
